수단의 기독교인들이 최근 일부 남수단의 무장단체들로 인해 어려움을 겪고 있다. 이들 무장단체는 새로 출범한 남수단정부에 맞서 투쟁을 벌이고 있다. 수단의 인구의 대부분은 이슬람 신자들인데 그 가운데 존재하는 소수의 기독교인들에 대한 납치사건이 자주 벌어지고 있는 것이다. 이들을 납치하는 무장단체들은 수단정부로부터 자금 지원을 받아 수단 내의 기독교인들을 괴롭히기도 하고, 남수단의 정부를 상대로 무력 행사를 하기도 한다. 이들 무장단체들은 남수단 사람들도 납치하여 반군 조직에 강제 투입을 하기도 한다. 실제로 수 백 명의 젊은이들이 수단과 남수단에서 납치 당해 친이슬람, 친수단 무장단체 요원으로 활동을 강요당하고 있다.