청일전쟁, 러일전쟁, 만주침략전쟁, 제2차세계대전 등에서 숨진 군인과 군속, 이외에 도조 히데키 등의 A급 전범 246만 6,000여명의 위패가 보관돼 있다. 총 부지는 3만평이 되며 ‘일본 육군의 아버지’ 오무라 마스지로(大村益次郞)의 동상, 가미카제 돌격대원의 동상, 유슈칸(遊就館)이라는 일종의 전쟁박물관 등이 함께 있다.

제국주의 시절에는 군국주의 확대정책을 종교적으로 뒷받침하는 역할을 했으며 천황숭배와 군국이념을 조장했다.

제2차세계대전이 끝난 뒤 일본에 진주한 미국의 맥아더 사령부는 야스쿠니신사와 국가와의 연결고리를 차단하기 위해 국영 신사라는 특권적 지위를 박탈했다. 1978년 도조 히데키(東條英機) 전 총리 등 제2차세계대전의 A급 전범 14명의 위패가 합사(合祀)되면서 총리나 각료의 참배 여부가 쟁점으로 떠올랐다.

일제의 침략을 당한 국가들은 일본 총리가 전범 위패 앞에 고개를 숙이는 것은 ‘일본의 전쟁 책임을 부인하는 것’이라며 비난하고 있으나 일본의 보수우익세력과 유족회 등은 총리의 공식참배를 끈질기게 요구하고 있다.

1985년 나카소네 야스히로(中曾根康弘) 총리가 공식 참배하자 한국 중국이 거세게 항의했으며 이후 총리의 공식 참배는 없었다.

일본 경제 신문의 일본 여론 조사에서는, 총리대신의 참배에는 46%가 찬성으로 반대가 38%이다. 일본의 우익 단체, 신토 신앙자, 전몰자 가족 등이 찬성하고 있다.

일제강점기 때 신사참배 반대로 수 많은 목회자와 성도가 고난과 순교를 당했다. 한국의 기독교에서는 신사참배는 우상숭배로 간주했다.