1901년 대한예수교장로회 평양신학교로 설립하였으며, 설립자는 새뮤얼 어스틴 모펫(Samuel Austin Moffet, 한국명 마포삼열)이다.

1901년 최초의 신학생은 방기창, 김종섭 두 사람이었고 교수는 마포삼열과 이길함 선교사 두 사람이었다. 1902년 평양공의회는 장로 양전백, 길선주 조사, 이기풍 송인서를 신학생으로 천거해 허락을 받아 1903년 평양신학교 신학생은 6명이 되었다. 이 때의 교수는 마포삼열, 배위량, 소안론, 이길함, 한위렴, 편하설 목사 등이었다.

1904년에는 학생수가 19명이 되었고 1905년 계속하여 늘어갔다. 1904년 장로교 공의회는 평양공의회에서 수행한 신학교육 게획을 인준하고 2년 동안 신학교 교장으로 마포삼열 박사를 인준하였다. 1906년에는 세학급으로 나누고 전체 학생수가 50명이나 되었다. 1학교 29명, 2학년 14명 7명이 4학년이었다. 1907년 50명에서 75명으로 늘었났다.

제1회 졸업생은 1907년 6월 20일에 7명(길선주, 양전백, 서경조, 한석진, 송인서, 방기창, 이기풍)을 배출하고 이를 계기로 독노회가 설립되어 한국장로교의 시발점이 되었다.

1910년 후반기에 들어서 평균 20~30명의 졸업생이 배출되다가 일제의 여파로 1919년에는 8명이 불과했다. 한편 1930년대를 맞이하여 평양신학교와 조선예수교장로회는 1925년을 전후하여 한국의 젊은 신학도들을 미국에 유학시켰다. 이 때 유학길에 오른 학생은 박형룡, 한경직, 송창근, 김재준이었다. 1938년 신사참배 거부로 일제에 의하여 폐교되었다.[*주, 여기 까지는 장로회신학대학교, 총신대학교, 고신대학교의 공통 역사에 해당한다.]

1951년 5월 28일 대한예수교장로회 제36회 총회 결의에 의하여 대한예수교장로회 총회신학교를 직영하기로 결의 하였다. 그리고 임시 교사를 대구시 대신동 283번지에 정하였다. 교장은 김부열(A. Cambhell)목사가 취임하였다.

1955년 서울로 교사를 옮겨 대한예수교장로회신학교로 재단법인을 인가받았으며, 1965년 현재의 위치에 교사를 신축 이전하였다. 1967년 학교법인 대한예수교장로회총회 설립인가를 받았으며 1969년 4년제 정규대학으로 인가받아 총신대학으로 개편하였다. 1978년 대학원을 설치하였고 1995년 현재의 교명으로 바꾸었다.

교훈은 '신자가 되라, 학자가 되라, 성자가 되라, 전도자가 되라, 목자가 되라'(1948년 6월 9일 신설장로회신학교 특별 기도회 때 박향룡 박사가 열왕기상 6장 1-7절의 본문으로 "선지 학교의 중건"이란 제목의 설교에서 나온 것이다) 이다.

캠퍼스는 서울특별시 동작구 사당동 산 31-3번지이며, 양지캠퍼스는 경기도 용인시 양지면 산 41번지에 있다.

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