그는 우리나라 최초로 시각장애인을 위한 교회를 설립했으며 재계의 도움으로 1986년 실로암안과병원을 설립해 지금까지 2만7천600여명의 시각장애인에게 개안수술을 했고, 실명 예방을 위해 무료안과진료를 해준 사람도 35만명에 이른다. 또한 실로암시각장애인복지회와 복지관을 설립해 시각장애인을 위한 직업훈련과 재활훈련을 해왔고, 북한에 진료버스 '움직이는 실로암안과병원'을 기증하기도 했다. 

1987년 방글라데시에 의료 봉사단을 파견한 것을 시작으로 1991년 중국 연변에 1차 이동진료반 파견, 1994년에 필리핀 바기오 지역 원주민들을 위한 이동진료반 파견, 1997년 중국 연변 대학 복지 병원에 2차 이동진료반을 파견하여 조선족 및 한족들에게 무료 진료와 개안수술을 실시했으며 1999년 중국 실로암안과센터를 개원하였고 2004년 현재까지 제 7차에 걸처 중국연변지역에 이동진료반을 파견하였다. 이처럼 의료 사업은 1986년의료법인 실로암 안과병원이 개원한 이래 국내외를 합하여 현재까지 총 450여회에 걸친 무료 안과 순회 진료를 실시하였다.

김선태 목사는 이러한 업적을 인정받아 1998년 6월 호암재단으로부터(호암사회봉사상)을 수상 하였고 2000년 10월에는 숭실대학원으로부터 명예 철학박사 학위를 수여 받았다.

또한 아시아의 노벨상이라고 불리는 막사이사이상을 2007년도에 수상했다. 그는 수상금 5만 달러 전액을 실로암 아이(Eye)센터 건립 비용으로 기증하였다. 2008년 4월 국민훈장 모란장 수상하였다.

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