남대문교회는 우리나라 최초의 서양식 병원인 제중원(濟衆院·세브란스병원 전신)에서 출발한 교회이다. 현재 소재지는 서울특별시 중구 남대문로5가 544번지에 있으며, 대한예수교장로회(통합) 서울노회에 소속되어 있다.

제중원교회는 선교사 알렌(Allen,H.N., 安連) 및 헤론(Heron,J.W., 惠論) 부부와 의사 스크랜턴(Scranton,W.B.)의 어머니 등에 의하여 1887년(고종 24) 11월 21일에 예배를 드린 것이 시초이다.

알렌은 1882년 한·미 통상조약 체결 2년 뒤인 1884년 9월20일 선교사로 한국에 왔다. 그는 갑신정변으로 체류 외국인들이 제물포로 피난을 떠날 때 서울에 홀로 남아 민영익을 치료한 것을 계기로 국왕과 조정의 신임을 얻었다.
이후 알렌이 1885년 설립한 제중원은 언더우드 등 외국 선교사들을 불러들이는 창구역할을 하며 한국 교회의 못자리가 됐다.

제중원은 을지로 입구 구리개(현 외환은행 본점 자리)에 있었는데 1904년 세브란스병원으로 바뀌었고, 남대문 밖 복숭아골로 이전하면서 교회 명칭이 남문밖교회, 남대문밖 제중원교회 등으로 불리다가 지금에 이른다.

남대문교회는 많은 인재를 배출했는데 독립운동가이자 법조인으로 3대 부통령을 지낸 함태영씨는 남대문교회 조사 출신이다. 함씨는 법관양성소를 나와서 한성재판소 검사로 재직할 당시 독립협회 사건으로 체포된 이상재 이승만 등을 무죄로 석방했다. 3·1운동 당시 세브란스의전 학생이던 이용설, 3·1운동 민족대표 33인 중 한 사람인 이갑영 등도 남대문교회가 배출한 인물이다.
또한 세브란스 1회 졸업생인 김필순, 정형외과 태두로 불리는 이용설, 생리학의 태두 김명선 등 많은 인물을 배출했다. 초기 한국교회 부흥에 큰 영향을 끼친 기도와 신유의 목회자 김익두(1922∼1926 시무), 장로교 신학교육에 앞장섰던 김치선(1944∼1951 시무) 목사 등이 남대문교회를 담임했다.

1944년에는 김치선(金致善)목사는 제6대 목사로 부임하여 1953년까지 시무하면서 ‘삼백만 부흥운동’을 전개하였고, 현 대한신학교의 전신인 야간신학원도 설립하였다. 6·25전쟁 때에는 교회가 완전히 파괴되었으며 수복 후 재건되었는데, 이때를 전후하여 당시 집사이던 박태선(朴泰善)의 신앙노선에 문제가 제기되어 이단시비를 불러일으켰다.

1954년 9월에는 미국에서 독립운동과 한인교회활동을 벌이던 김태묵(金泰默)이 부임하여 교회당 건축에 힘을 기울였고, 1957년부터 1979년까지는 배명준(裵明俊)이 제8대 목사로 부임하여 교회발전에 커다란 기여를 하였다.

박정찬 이후 1998년 현재 조유택(趙裕澤) 목사에 이르기까지 12명의 한국인 목사들이 이끌어 온 이 교회는 교회의 대형화에 강조를 두기보다는 새 교회개척에 심혈을 기울여 공덕(孔德)·행화정(杏花亭)·삼판통·청량리중앙교회·해방촌교회를 세웠으며, 최근에는 맹인교회인 애능중앙교회를 설립하였다.

1979년에는 교회의 역사를 정리한 ≪남대문교회사≫를 편찬하였고, 1987년에는 창립 100주년을 맞았다. 2007년 11월 21일에 창립 120주년 기념예배와 설립자 알렌의 후손인 크리스 존스(59)를 초청해 알렌기념세미나를 열었다.

>> 바깥고리 : 남대문교회