초기에 하버드대학교는 교회의 후원을 받았으나 200년 정도 지나면서 점차 교회와 정치의 통제에서 벗어났다. 1865년에는 대학동창회에서 운영이사회 임원들을 선출할 정도가 되었다. 하버드대학교의 동창회와 교수진은 미국의 지적·정치적 발전에서 여러 분야와 밀접한 관련을 맺어왔다. 1960년대경에는 존 애덤스, 존 퀸시 애덤스, 러더퍼드 B. 헤이스, 시어도어 루스벨트, 프랭클린 D. 루스벨트, 존 F. 케네디 등 6명의 미국 대통령과 수많은 법률가·장관·의원 등을 배출했다. 유명한 문학가로는 랠프 월도 에머슨, 올리버 웬들 홈스, 헨리 데이비드 소로, 제임스 러셀 로웰, 헨리 제임스, 헨리 애덤스, 로버트 프로스트, T.S. 엘리엇, 존 도스 패소스, e. e. 커밍스, 월터 리프먼, 로버트 로웰, 노먼 메일러가 있다. 19세기 중엽 하버드대학 로렌스 과학학교는 미국 응용과학 발전에 공헌했다. 윌리엄 제임스는 1870년대에 하버드대학교에 실험심리학을 소개했다.

지난 세기 동안 하버드대학교는 교육과정개혁에서 선두적인 역할을 했다. 찰스 W. 엘리엇 총장의 재임기간(1869~1909)에 국제적으로 영향력 있는 기관이 되었으며, '교양인'을 양성할 수 있는 교육과정에 대한 논의가 계속되었다. 엘리엇 총장은 낡고 경직되고 고전적인 교육과정 대신 선택과목제를 도입했다. 학부 학생들은 자신의 관심분야를 전문적으로 연구할 수 있게 되었고, 1894년까지 신입생들은 수사학과 현대어만 필수과목으로 이수하면 되었다. 1940년대에 이르러 이러한 선택과목제에 대한 반발이 일었고 어빙 베빗을 중심으로 일군의 '신인문주의자'(New Humanist)들이 등장하여 고전적 모델을 따르는 인문교양교육에 대한 새로운 요구가 일어났다. 1945년 제임스 브라이언트 코넌트 총장을 중심으로 한 하버드대학교 교수들이 〈자유로운 사회에서의 일반교육 General Education in a Free Society〉을 발간했다. 그들은 이 보고서에서 학부학생들이 전문 분야에만 치중하는 경향을 비판하면서 인문과학·사회과학·자연과학 등 기초학문을 강화한 교육과정으로 되돌아갈 것을 주장했다. 1960년대 몇 개의 학과에서 이러한 요구를 받아들였지만, 1970년대에 들어서면서 선택과목제가 하버드대학교에서 사실상 자리를 굳히게 되었다. 이렇게 교과과정이 느슨해진 데 대해 교수진들이 불평하자 1978년에 헨리 로소돈스키 학장과 데릭 복 총장은 학부학생들이 전공분야 학위를 따기 전에 5개 분야에서 기초학문을 필수과목으로 이수해야 한다는 내용의 '중핵교육과정'(core curriculum)을 제시했다. 여자대학이었던 래드클리프대학(1879)은 현재 하버드대학교에 병합되어 하버드대학교의 학위가 수여된다.

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