모든 교회는 잉글랜드의 국교회에 맞추어야 한다는 법령이 1662년에 통과됐다. 국교회의 감독 체제하에서 안수 받지 못한 목회자들은 안수를 다시 받아야 했다. 또한 목회자들은 공동 기도서(The Book of Common Prayer)의 모든 부분에 동의해야 했다. 목사는 누구나 교회 체제에 복종하는 맹세를 하고 엄숙 동맹 언약서(The Solemn League and Covenant)를 내버려야 했다. 엄숙 동맹 언약서는 주로 웨스트민스터 신앙고백과 웨스트민스터 교리 문답과 함께 나란히 인쇄된 개혁 서약이었다.

신일치령(The New Act of Uniformity)은 이 개혁이 공적으로 폐기되게 하는데 목적이 있었다. 말할 나위 없이 청교도들은 양심상 이런 요구에 굴복할 수 없었다. 약 2천 명이 자신들의 생업에서 강제로 쫓겨났는데 이들은 대부분이 목회자들이었고 나머지는 학교 교장이나 교원들과 같은 권위 있는 직업을 가진 자들이었다. 이들은 생계를 위해 막일을 찾아야 했다. 매우 험한 시기였다.

이제 청교도 시기가 끝나고 국교반대(Dissent)로 알려진 새 시대가 시작됐다. 청교도 운동은 17세기 말경에 사실상 종결되었다. 18세기까지 살았던 유명한 청교도로는 존 하우(John Howe, 1705년 사망)와 1707년에 작고한 토마스 둘리틀 (Thomas Doolitle)과 성경 전권 주석가로 명성이 높은 매튜 헨리(Matthew Henry)를 꼽을 수 있다. 그는 1662년에 태어나서 1714년에 사망했다. 매튜 헨리는 1662년에 쫓겨난 청교도 필립 헨리(1631-1696)의 아들로서 한동안 런던의 이슬링턴(Islington)에 있던 토마스 둘리틀 아래에서 수학하였다.

1662년의 대축출(The Great Ejection)로 초래된 고난과 1688년까지 계속된 무자비하고 극심한 박해로 복음주의자들의 연합이 깨어지고 잘 훈련된 자들에 의한 목회 사역의 유익이 큰 제한을받았다. 비국교도들은 대학 입학이 거부되었다. 이것은 사역 수준에 부정적인 영향을 주었다. 청교도들 사이에 두드러진 특징이었던 영적 단합은 1662년 이후에 급격히 하강하였다. 청교도들의 칼빈주의는 균형이 잡힌 복음주의였다. 그러나 1662년 대축출 이후부터 알미니안주의가 교회들을 주도하기 시작했고 시간이 경과하면서 유니테리안주의(Unitarianism)의 길을 열었다. 축출당했던 신실한 목사들은 계속해서 집필을 했으나 큰 인물들의 세대가 끝나자 그들의 자리를 메울 자들이 없었다. 잉글랜드 국교회는 1662년의 대축출에서부터 지금까지 회복되지 못하였다. 이따금씩 라일(J.C.Ryle) 감독과 같은 예외적인 지도자들이 나타났다. 라일은 청교도들의 강조점을 따르면서 청교도처럼 글을 썼다. 그의 거룩(Holiness)이라는 잘 알려진 저서는 청교도의 성화 교리에 대한 강설이다.

19세기에 태어난 가장 빛나는 청교도는 스펄젼(C.H. Spurgeon)이고, 20세기에는 마틴 로이드존스(Martyn Lloyd-Jones)이다. 스펄젼의 청교도의 글과 원칙에 흠뻑 젖은 사람이었다. 그는 청교도에 의해 엮어진 사람이었다. 그래서 청교도의 관점에서만 그를 바르게 이해할 수 있다. 청교도의 맥락은 급강하면서 20세기 초반에 거의 맥박이 끊어졌다. 스펄젼은 이러한 퇴조를 예상하면서 말하였다.

"현재로서는 청교도 사상이 경멸을 당하지만 많은 담대한 사람들이 하나님의 도우심으로 머지 않아 청교도를 다시 일으킬 것이다. 그래서 창문을 검게 칠한 자들은 하늘의 빛이 밝게 비쳐 들어오는 것을 보고 놀라며 당황할 것이다."

청교도들과 그들의 글에 대한 관심은 1950년대에 퍼지기 시작해서 지금까지 증가되고 있다. 신학적인 갱신이 없었더라면 이 일은 불가능했을 것이다. 마틴 로이드존스 목사의 청교도에 대한 관심은 그가 1925년에 리처드 백스터(Richard Baxter)의 전기를 읽으면서 일깨워졌다. 로이드존스 목사는 청교도들에 대한 관심을 광범위하게 일으켰다. 그가 청교도 집회(The Puritan Conference)에서 전한 19회의 강설은 청교도들(The Puritans)이라는 제목으로 출판되었다. 제임스 패커(James Packer) 박사도 청교도들에 대한 관심을 일으키는데 큰 공헌을 하였다. 그는 1944년 옥스퍼드 대학 1학년 재학 중에 옥스퍼드 기독 대학생 유니온에 기증된 청교도 문헌을 검토하고 정돈하는 부서사원으로 임명되었다. 이때 그는 24권의 세트로 된 조 오언(John Owen)의 글을 발견하였다. 페이지는 잘린 곳이 없었고 내용은 책의 표지에 요약되어 있었다. 패커는 죄를 굴복시키는 문제를 읽기 위해 제6권으로 곧장 들어갔다. 이것이 그가 청교도들을 재발견한 계기였다. 나중에 그는 리처드 백스터에 대한 박사 논문을 썼다. 짐 패커 박사가 청교도에 대한 관심을 부흥시킨 공헌은 지대하다. 그의 청교도 연구는 하나님의 거장들(Among God's Gaiants)이라는 책으로 출판되었다.

청교도주의는 교리와 경험과 실천에 있어 진리 되신 예수 그리스도(요14:6)를 높임으로써 성경의 진리들을 매우 균형 있게 제시한다. 그리스도를 영광스럽게 하는 것은 성령의 뜻이다. 그래서 우리는 이사야와 하박국 선지자의 약속된 선언이 성취될 것을 확신할 수 있다.

그 작은 자가 천 명을 이루겠고

그 약한 자가 강국을 이룰 것이라.

때가 되면 나 여호와가 속히 이루리라 (사60:22)

이는 물이 바다를 덮음같이

여호와의 영광을 인정하는 것이

세상에 가득함이니라 (합2:14)

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